Salah satu program peningkatan mutu madrasah adalah dengan dikembangkannya madrasah dengan sistem asrama, yang merupakan desiminasi dari sistem pendidikan pesantren.
MAN Kebumen 1 adalah madrasah berasrama (boarding school), oleh karena itu sebagian peserta didik MAN Kebumen 1 tinggal di asrama. Asrama dimaksudkan bukan sekedar tempat untuk tinggal peserta didik, melainkan merupakan rangkaian proses pendidikan di madrasah.
Asrama dimaksudkan bukan sekedar tempat untuk tinggal peserta didik, melainkan merupakan rangkaian proses pendidikan di madrasah.
Asrama merupakan aspek fundamental dalam sebuah madrasah yang menggunakan sistem bersarama. Asrama memiliki posisi yang sangat penting dan memiliki cakupan yang sangat luas sehingga membutuhkan pengelolaan yang sistematis. Kehidupan di asrama merupakan bagian yang tidak bisa dipisahkan dari kehidupan peserta didik di madrasah dan di masyarakat.
Proses pendidikan madrasah berasrama merupakan satu kesatuan, baik kegiatan pembelajaran yang dilakukan pada siang hari maupun malam hari,  mencakup semua aspek kehidupan sebagai seorang manusia, baik kebutuhan aktualisasi diri maupun kebutuhan riil untuk hidup bermasyarakat dan yang lebih penting adalah pengetahuan, pemahaman serta implementasi nilai-nilai keislaman yang berguna untuk kehidupan di dunia dan akhirat.
99% anak-anak madrasah yang berhasil adalah mereka yang spiritualitasnya tinggi, dengan laku Sholat Tahajud, tadarrus al-Quran, wirid dan laku spiritual lainnya. Kesalehan religious dengan prestasi ilmu adalah untuk membentengi dari sifat sombong.

sumber : http://www.mansakebumen.sch.id/index.php/web/berita/65